آبخيزداري به مجموعه‌اي از فعاليتهاي برنامه ريزي، مديريتي و عمليات فني در يك حوزه آبخيز اطلاق مي‌گردد كه ضمن حفاظت از منابع آب  و خاك، باعث افزايش كميت و كيفيت توليد در واحد سطح مي‌گردد. با اين هدف بخش تحقيقات حفاظت خاك و آبخيزداري در سال 1373 با 5 واحد حفاظت خاك، مديريت آبخيزها، هيدرولوژي و توسعه منابع آب، بهره برداري از سيلاب و آبخوانداري و مهندسي رودخانه، تشكيل گرديد. در حال حاضر اين بخش علاوه بر واحدهاي فوق داراي 3 ايستگاه تحقيقاتي، ترويجي، آموزشي آبخوانداري در شهرستانهاي گناباد، سبزوار، كاشمر و نيز يك پايگاه تحقيقاتي حفاظت خاك در منطقه سنگانه كلات مي‌باشد. اين بخش با دارا بودن 8 عضو هيأت علمي و 7 كارشناس پژوهشي، داراي 51 طرح تحقيقاتي بوده كه 27 طرح آن خاتمه يافته و 24 طرح ديگر در دست اجرا مي‌باشد.